Управление эксплуатации Ириклинского водохранилища организовано Министерством мелиорации и водного хозяйства РСФСР 1 октября 1980 года. С 1 декабря этого же года к своим обязанностям приступил первый директор Управления В.Ф.Джима. Нынешнее руководство Учреждения создало самые благоприятные условия для его эффективной деятельности. С 25 декабря 2018 года коллективом руководит Семёнов Олег Александрович. 8 ноября 2019 года Учреждение реорганизовано в филиал «Управление эксплуатации Ириклинского водохранилища» Федерального государственного бюджетного водохозяйственного учреждения «Центррегионводхоз».

1 декабря 2020 года врио директора филиала «Управление эксплуатации Ириклинского водохранилища» ФГБВУ «Центррегионводхоз» Семёнов О.А. поздравил коллектив с 40-летним юбилеем создания Учреждения, поблагодарив коллег за добросовестный труд во благо Ириклинского водохранилища.