Отдел эксплуатации и контроля качества воды ведет круглогодичный мониторинг качества воды Ириклинского водохранилища и обеспечивает выполнение количественного химического анализа в закрепленной области аккредитации. Отбор проб воды проводится согласно утвержденного графика с целью наблюдения и выявления загрязнений, поступающих в водохранилище.

В апреле 2014г. сотрудниками Отдела эксплуатации и контроля качества воды совместно с представителями ФГУ «Мониторинга водных объектов рек Белой и Урала» ГХЛ г. Сибай и ОАО «Магнитогорский металлургический комбинат» ЛАКВ ЛООС г. Магнитогорска  был проведен совместный отбор проб воды с Магнитогорского водохранилища. Пробы воды были отобраны в 3-х точках:

• Магнитогорское водохранилище;

• из р. Урал ниже Магнитогорского водохранилища ;

• ниже впадения р. Худолаз в р. Урал.